تحصل نمذجة التنادد على البنية ثلاثية الأبعاد للبروتين المستهدف بناءً على التشابه بين القالب والتسلسل المستهدفوتثبت هذه التقنية فعاليتها عندما يتعلق الأمر بدراسة بروتينات الغشاء التي يصعب بلورتها مثل GPCR لأنها توفر درجة أعلى من فهم …
ما هي نمذجة التنادد ولماذا هناك حاجة إليها؟
1.2.
النمذجة التناظرية هي الطريقة الحسابية الأكثر دقة لإنشاء نماذج هيكلية موثوقةوتستخدم بشكل شائع في العديد من التطبيقات البيولوجية. تتنبأ نمذجة التنادد بالبنية ثلاثية الأبعاد لبروتين الاستعلام من خلال محاذاة تسلسل بروتينات القالب.
ما هو مبدأ نمذجة التنادد؟
تُعرف نمذجة التنادد أيضًا بالنمذجة المقارنة التي تتنبأ بهياكل البروتين بناءً على التماثل المتسلسل مع الهياكل المعروفة. يعتمد على مبدأ " إذا كان هناك بروتينان يتشاركان في تشابه تسلسل عالٍ بدرجة كافية ، فمن المحتمل أن يكون لهما هياكل ثلاثية الأبعاد متشابهة جدًا. "
ما الذي يجعل النمذجة التماثل جيدة؟
إذا حددنا "نموذج تجانس ناجح للغاية" على أنه نموذج يحتوي على <=2 Å rmsd من البنية التجريبية ، إذن يجب أن يحتوي القالب على >=60٪ هوية تسلسل مع الهدف للنجاح معدل >70٪حتى في هويات التسلسل العالي (60٪ -95٪) ، ما يصل إلى واحد من كل عشرة نماذج تماثل لها rmsd >5 Å مقابل
أي مما يلي ينطبق على نمذجة التماثل؟
التفسير: كما يوحي الاسم ، تتنبأ نمذجة التماثل بتراكيب البروتين بناءً على التماثل المتسلسل مع الهياكل المعروفةتنتج نمذجة Homology نموذجًا شاملاً للذرة يعتمد على المحاذاة مع بروتينات القالب…. لا يمكن تصحيح الأخطاء التي حدثت في خطوة المحاذاة في خطوات النمذجة التالية.
